毛皮質とも呼ばれ、髪の毛の三層構造(外側からキューティクル、コルテックス、メデュラ)の中間層部分のことであり、髪全体の85～90％を占めている領域のことです。
コルテックスは、マクロフィブリルのという細胞が立てに並んでおり、その隙間は、シスチンを含むタンパク質であるマトリックスタンパクと、シスチンを含まない親水性のあるたんぱく質である非ケラチンタンパクという２つの細胞で埋められています。
この２つの細胞が化学反応を受けやすいという性質があるため、パーマやカラーの薬剤からの化学反応から髪の毛にウエーブができたり、髪の色が変化したりします。
繊維状のケラチンタンパク質が主成分であり、髪の色を決めるメラニン色素や天然の保湿因子が含まれている。
また紫外線から地肌を守る役割も担っている。